对于统筹铁路建设，要“固本简末”，抓主要矛盾，把有限的财力物力重点用在最关键最根本的地方，其他的能简则简，能省则省。
在设计工作中，设计部门和人员要“下楼出院”，到现场进行设计。
在施工方法中，沿河流修路要“宁里勿外”，确保百年大计和安全。
打山洞时，要“早进晚出”，把苦干和巧干结合起来，把效率和安全统一起来。
……
这些思路和做法，不但极大地促进了三线铁路建设的顺利发展，而且直到今天也有一定的指导意义。
一九六六年文化大革命全面发动之前，在铁道部机关发生了一件不寻常的事，这就是突然对我进行批斗。
这年春天，铁道兵在北京召开会议，我从西南回到北京出席会议。我听取了几天会议后，想立即返回西南，继续领导三线铁路的修建。不料文化大革命的邪火却过早地烧到我的头上，这时“文革”刚刚开始，四月间中央在上海召开政治局常委扩大会议，对彭真同志进行错误批判。会上有人提出，我一九四六年在东北时曾追随彭真反对林彪，因而要我向中央“还账”。这样，我只得继续滞留北京，检查交代问题。
铁道部组织召开了部分局级干部参加的小型会议，让我交代所谓“桃园三结义”(指彭真、林枫、吕正操三人反对林彪)和所谓国民党对我策反的问题。铁道部机关也开始出现揭发批判我的大小字报。这时，刘建章因事离开西南，正在北京，也被通知参加这次小型会议。在会上，刘建章没有发言，心里颇感不安，认为这种做法不正常。每次会后，刘建章的秘书孙家炽和我的秘书沈恒泽都去我家，刘建章也去看望我，表示同情和支持。
由于我不能再回西南工作，当时任工交政治部主任的谷牧召见刘建章，要他回西南去管三线铁路的修建。谷牧对刘建章说：“看来揭批正操同志还会深入，他是回不去了，老刘啊!现在斗争很激烈，老吕回不去了，你要回西南坚持修路工作。”
刘建章飞回西昌，结果同样遭到批判。
当时，“怀疑一切，打倒一切”，极“左”思潮泛滥。我本人虽然不在西昌，也受到当地造反派的肆意攻击，批判所谓“正操思想”、“吕家王朝”，刘建章也被加上“吕家王朝”出谋划策的狗头军师等罪名。刘建章仗义执言，写信给李富春转周总理，其中说：“吕正操在西南三线的工作是对的。”