由于曾经被ICQ起诉，专利和版权的问题成为了马化腾不得不重视的公司要务，他也清醒地意识到，腾讯决不能在同样的问题上犯错。2003年，腾讯专门成立了一个独立的部门——法务部，用知识产权来保护自身的权益，并很快对外招聘知识产权研究员、法务高级专员和专利律师等职务。
吃一堑长一智，马化腾要让腾讯变得更加正规和成熟起来，这样才能在市场竞争的浪潮中任意驰骋。为此，他让所有的新产品都建立起一套内容涵盖域名、商标、专利、版权的多方位的全面保护系统。
马化腾打造的这个保护系统，开始于任何技术和业务产品研发立项之初，也就是说有针对性地制定配套的知识产权保护策略，让每一个产品在法律层面都做到“无懈可击”。除此之外，马化腾在新产品的SCM(供应链管理)系统之内，加入了对产品以及新业务进行发布前的知识产权评审，这样才能够及时发现新发明和新创造，也可以起到防止侵犯他人的知识产权作用。
目前，腾讯上上下下都对企业的自主知识产权有了足够的重视，认为这是企业生存发展的一项“软性保护功能”，也由此加强了对员工的知识产权教育，还重点落实了知识产权日常维护和知识产权许可贸易的审查，另外在研发中心也设置了专门的团队，其主要工作就是对腾讯的技术发明进行专利发掘和国内国际保护。
在新的QQ头像诞生之后，马化腾也加紧了对这些艺术创意设计的知识产权的保护，避免让他们精心打造的产品被他人利用。
首先，他开启了商业机密和版权的共同保护机制。腾讯对那些已经创作完毕的作品，比如软件代码、设计图纸等，都施以严格周密的商业机密保护策略，目的就是为了让核心的创业理念和商业战略不外泄，确保其在市场竞争中掌握核心的有利因素。
其次，加强了对版权和商标权的双重关注。2000年，腾讯将设计出的企鹅卡通形象视作腾讯最重要的企业产品之一，将这个卡通形象进行了版权登记，此外还进行了全类商标注册保护，防止他人窃取这个深受广大用户欢迎和喜爱的形象设计。与此同时，腾讯对商标也采取了足够的重视，对旗下的核心商标进行全类注册保护，形成了以QQ企鹅为核心的卡通形象产品群。
最后，确立了专利保护和版权的双保护策略。在专利保护方面，通过打造专利管理数据库系统和专利申请项目跟踪系统，将版权和专利保护良好地合二为一，从而实现专利申请的整套电子化流程和管理。这样一来，腾讯在知识产权保护方面将会更系统化、规范化。
腾讯选择了广州东利行实业有限公司作为Q-Gen注册商标的独家授权经销商，很快，在广州就出现了第一家Q-Gen专卖店，专门出售有关QQ品牌的服装和玩具等。
由于QQ小企鹅的深入人心，这些延伸产品很受欢迎，也让用户进一步了解了腾讯的品牌锻造能力。没过多久，QQ就成为了可以比肩米老鼠、加菲猫等卡通形象的全新时尚娱乐符号，广大用户中也诞生了一批QQ迷，他们对带有小企鹅的产品充满了猎取和占有的兴趣，疯狂抢购与其有关的一切产品。
2005年3月，腾讯和郑州的小樱桃卡通公司进行了合作，独家授权其创作并出版了《QQ漫画》。这套漫画上市之后，深受市场好评。马化腾也充分践行了卡通品牌形象授权的知识产权之路，拓展出了全新的产权增值业务。
随着知识授权为腾讯带来的收益逐渐增多，马化腾又面临着一个新问题，那就是在众多的知识产权中如何有效管理。众所周知，知识授权是一把“开弓的箭”，往往是“有去无回”，一旦进行了授权，被授权一方就有了充分的自主权，如果在合作条款中没有写清楚的话，很可能会让对方夺走对产品形象的管理权。
马化腾对这个问题逐渐重视起来，随着经验的逐步积累，他最终确定了一套具有腾讯特色的管理QQ品牌形象授权的模式。
这个模式的内容是：腾讯要求一切使用QQ卡通授权的产品，无论是开发、生产还是销售，只要涉及到再创作、变形等更改时，就必须要事先征得腾讯的允许，不准擅自做主，而且这些经过变更和再创作的图像、文字等产物，其产品名的知识产权都归腾讯所有。
从表面上看，腾讯加大知识产权保护有点“幡然醒悟”的意思，然而实际上腾讯的这一步是其企业发展的必由之路，只是在域名之争事件促动之下忽然爆发而已。应该说，马化腾推行的这些保护策略，是对腾讯在智力创新层面的保护，而他推行的知识产权授权策略，让腾讯的品牌价值得到了迅猛的提升，这是一个最能“直接见利”的实施步骤。
2000年高交会上，腾讯员工做了很多QQ企鹅的公仔模型，目的是为了进一步推广其产品，结果却让他们意想不到：大家对企鹅公仔十分喜欢，表现出了一种空前绝后的追捧热情。为此，马化腾深有感触地表示，腾讯的用户启发了他们的智慧，如果在创业的时候没有设计出这样一个小企鹅的形象，恐怕就没有今天的业务了。
现在，腾讯已经熟练地掌握了国内外的法律规则，通过合理的商标、版权和专利布局，充分实现了其品牌和技术的跨国保护，让QQ小企鹅即使“远渡重洋”也能得到法律“照顾”。除此之外，腾讯还将知识产权和研发、市场、运营有机结合在一起，让公司日常运行中的每一个环节都能融入产权保护的概念。
正是因为提升了对知识产权的重视，腾讯的市场领导地位和市场竞争力都有所提升。2006年11月25日，腾讯成为唯一新一批广东省级版权兴业示范基地。就在同一年，腾讯的QQ和企鹅商标也成为了广东省内的著名商标，也是广东省第一个来自互联网产业的著名商标，十分具有纪念意义。就在同一年，腾讯已经拥有了60多件专利权，和中国其他互联网企业的专利数的总和大致相当——这是一个非同小可的成就！相信在未来，腾讯会拥有更多的专利认证的产品。
马化腾是一个能够从教训中吸取力量的人，他没有因为域名之争而垂头丧气，反而从中看到了隐藏的商机。在他将创意和科技二者有效结合之后，终于将QQ逐步打造成一个著名品牌。也正是因为曾经输掉了官司，马化腾才更加深刻地意识到知识产权是企业品牌的核心竞争力。