由于官邸本身就是园艺所，向来培育名花异兰，不时可见来自国外的特殊品种。尤其宋美龄生辰农历二月十二日刚好是百花节，所以她特别爱花，不但房内每天要有一盆花，官邸有专人换花，每年宋美龄生日与10月31日蒋介石阳历生日，官邸还会举办春秋两季花展，大部分以兰花为主题，秋季则以菊花为主题。
官邸第一届花展约在1950年开始举办，由于当时兰花相当罕见，加上官邸属于禁区，因此人潮络绎不绝。但民众仍仅能进入园艺区游玩；正房依旧警卫森严，不仅无法靠近，连相机镜头都不得朝向正房。
原先官邸正房前并无内花园，大部分是果树和杂木丛，偏偏艾森豪威尔到访后，与蒋宋一同步行回官邸正房，曾向蒋介石谈及白宫花园美景，让蒋介石旁边人士相当尴尬，才在艾森豪威尔离去后，将正房前整修为目前的中西庭园，由中、日技师共同设计，以喷水池为中心，花坛、树篱、园路呈几何形对称，为当时台湾少有的示范性西式庭园。至于官邸中式庭园则于1966年为庆祝蒋介石80岁寿诞而建。庭园内有假山、泉石、曲池、拱桥及贯穿全区的弯曲小径。
由于宋美龄偏好玫瑰，官邸也开辟玫瑰园，搜集各国名种，专人植栽，宋美龄常在此招待好友。园中自有品种约七八种，宋美龄最喜欢“黑玫瑰”；蒋介石喜爱的梅花栽植于玫瑰花圃每畦两端，象征夫妻相伴。据说宋美龄甚为在意官邸玫瑰，连侍卫偷摘了一朵都被发现而处分。由于细心照料，直至今日，官邸玫瑰园已达共70多畦，共有各品种2100多株，梅树树龄超过50年的，有100余株，成了台湾年轻人拍摄婚纱的最好去处。
官邸培育的菊花，直径均超过二三十厘米，俗称“寿菊”，是从日据时代就已栽培的特殊品种，采无性繁殖，须依生长条件，由小盆栽，逐渐换到大盆，以一株有三朵为标准，且要雕成三角形。当时包括“总统府”本身苗圃、铭传商专、振兴医院及大同公司等十个公家单位、学校或私人财团均加入培育行列，每年参展时并由官邸负责评比。