在军事上，眼见解放军军力日增，原子弹研发已上轨道，且逐渐占有空中优势，蒋介石在提防之余，除了也想建立核武力，还打算在慈湖一带构建完整的战时防御指挥系统，以备不时之需。
迄今仍未开放、占地约20多公顷的后慈湖，由于离公路较远，然而景致更为优美、宁静，未受人为破坏，保存有完整林相与植物生态。后慈湖呈现“月牙形”，日间尖山苍峰倒映水中，相得益彰，相当受蒋介石欣赏，尤其从慈湖走向后慈湖的山间小径，环境清幽，还有路堤相通，行车10余分钟可达，堤边栽种龙相、垂柳等，气象万千。
再加上隐蔽性高、管制严密，后慈湖周边迅速被导向浓厚的军事机密用途，在慈湖行馆落成后，立即被军方征收，长期被列为管制区。从慈湖行馆蒋介石寝室后门，还可沿小路直通位于后慈湖、由旧煤矿坑道改建而成的战时指挥所。
当时蒋介石主要是考量万一解放军发动全面攻击，对台进行大规模空降或空炸，就可立刻进驻地下化、堡垒化的后慈湖指挥所。是以后慈湖指挥所，据说光是铁门就厚达30厘米，前后3扇，分别能达到防爆与防核生化攻击效果。
坑道15度到17．5度的斜度，也设计得很适合侍卫背着蒋介石迅速撤入。
如遇战事，“五院”院长和幕僚同时则会到周边6个支坑所设的定点办公室、幕僚厅舍，进行战备指挥。但这个战时指挥所设置40多年来从来没有使用过，反倒使荒芜的设施蒙上一层神秘色彩。
至于后慈湖边的码头，平时只要蒋宋想要泛舟，就会有一艘木舟、一艘小艇在那里备用。据说这个码头也有撤离逃生功能，传闻可从此处搭乘快艇通到石门水库码头，由于水库大坝上方设有简易停机坪，快艇一到水库上方，直升机就能马上起飞。
台湾军方跟着也在慈湖南侧兴建一栋白色木造西式平房式行馆，以及五栋高级幕僚战时办公用的小洋房。后慈湖行馆虽是以钢筋水泥打造，不过四周湖光山色形成了保护色，相当隐蔽，除站岗宪兵，即使路经此地也难发觉。蒋介石也常在湖边散心，或到湖畔行馆小坐。
不过后慈湖行馆建筑风格与慈湖行馆四合院构造迥然不同，属于西式建筑，面积300多平方米，一楼是客厅、餐厅，二楼是生活区，也有客房，行馆周边也修筑了一些依旧时矿坑坑道修筑的密道及避难设施。新馆前方也设置了军事用途的简单房舍。