1939年，一群从中欧，尤其是从匈牙利流亡到美国的物理学家，包括利奥·西拉德（Leo Szilard，1898—1964）、爱德华·泰勒（Edward Teller，1908—2003）和尤金·维格纳（Eugene Wigner，1902—1995）在内，试图警告美国政府，纳粹德国正在进行原子弹研究，并且有可能会赢得研制原子弹竞赛的胜利。“铀元素会变成一种重要的新能源……也可以用来制造炸弹……只要一个这种类型的炸弹，用船运出去，并且使之在港口爆炸，很可能就会把整个港口连同它周围的一部分地区一起毁掉。”他们想借助爱因斯坦的巨大影响，给美国总统罗斯福写封信，建议美国政府注重并直接介入核武器研究。1939年8月2日，爱因斯坦在西拉德起草的信上签字。由于爱因斯坦的这封信，美国加入了研制原子弹的竞赛，并依托其巨大的科技实力，开展了人类历史上最伟大的“曼哈顿计划”，成为在“二战”中唯一成功研制出原子弹的国家。
对爱因斯坦而言，“战争是一种疾病”，他呼吁抵抗战争。他写给罗斯福的那封信违反了他自己所支持的和平主义。在去世前一年，爱因斯坦说：“我一生中犯了一个巨大的错误，那就是签署了那封要求罗斯福总统研制核武器的信。但是犯这个错误是有原因的——德国人研制核武器的危险是存在的。”
除了圣雄甘地，爱因斯坦还崇敬“原始森林医生”史怀哲（Albert Schweitzer，1875—1965），认为他是“当代最纯粹的道德哲学家”。他在1953年4月给出版商的信中写道：“我与史怀哲见了两次面，交谈了很长时间。在我看来，他是西方世界唯一能与甘地媲美，对我们这一代产生了超越国家道德影响的人。正如甘地一样，这种影响主要是通过他毕生的实际事业产生的榜样所带来的。”
1952年，在广岛和长崎事件发生七年后，日本人民终于看到了原子弹所造成的巨大破坏的照片。面对这些勾起战争回忆的图像，他们对爱因斯坦在原子弹研制过程中所扮演的角色，以及原子弹在将来的应用前景感到困惑。为此，《改造》杂志的编辑胜原（Katusu Hara）1952年9月15日给爱因斯坦写了一封信，他在信中提出了四个问题：1.当看到展示原子弹巨大破坏力的照片时，您的反应是什么？2.对于一个毁灭人类的工具，您如何看待原子弹？3.大家都预测，下一场世界大战将是一场核战争。这是否意味着人类的毁灭？4.您很清楚原子弹具有巨大的毁灭力，为什么还要参与原子弹的研制？
爱因斯坦在五天后（1952年9月20日）做出了回复。本文同年秋天在日本东京的《改造》杂志上发表。
在原子弹研制过程中，我只参与了一件事：签署了一封写给罗斯福总统的信，强调有必要开展大规模实验，来调查生产原子弹的可行性。
我很清楚，如果实验成功，将会对人类造成可怕的威胁。但德国人正在致力于研究相同的问题，而且有可能取得成功，这迫使我采取这一步骤。我别无选择，尽管我一直都是个坚定的和平主义者。在我看来，战争中杀人丝毫不比普通谋杀好多少。
但是，只要各国不打算通过共同行动来结束战争，并以现有法律为根据通过和平协商来解决他们的争端和保护他们的利益，他们就不得不为战争做准备。他们觉得必须采取一切可能的手段，即使是最卑鄙的手段，这样才不会在常规的军备竞赛中落后。这条道路必然导向战争，在当前情况下，意味着全人类的毁灭。
在这种情况下，反对制造某些特定的武器，也于事无补；唯一的解决方法是彻底废除战争，消除战争的威胁。这才是我们应该努力为之奋斗的目标。一切与这个目标相违背的行动，我们都必须予以坚决抵制。这对于任何一个意识到自己有赖于社会的人来说，都是一个很强烈的要求，但并不是一个不可实现的要求。
甘地，我们这个时代最伟大的政治天才，已经为我们指出了一条道路。他让我们表明，人们一旦发现正确的道路，能够为之付出多大牺牲。他为印度的解放所做的工作就是一个生动的例证，证明了凭借坚定的信念，人的意志要比那些看似不可战胜的物质力量更强大。