十三世纪时，中世纪达到了顶峰。那时，自罗马帝国灭亡后建立起来的各项体系已经十分完备了。
教皇英诺森三世（1198—1216年）是十三世纪初的中心人物。这位教皇缺少基督徒该有的谦逊，因此他信心百倍地认为自己具有至高无上的权力。然而，在十字军第四次东征时，威尼斯在某种程度上抢占了教皇的风头。当时，十字军打算在威尼斯走水路攻打耶路撒冷，但出于商业考虑，威尼斯人却说，攻打耶路撒冷不如攻打君士坦丁堡。结果，包括英诺森三世在内的所有人都同意了威尼斯人的意见，因为如果跟威尼斯人闹翻的话，十字军就没有船只可用了。这件事令不可一世的英诺森三世烦恼了好几天。除此之外，就不知道还有谁抢过英诺森三世的风头了。
第一个没有神圣素质的教皇是英诺森三世。教阶制对他的道德威信感到安全源于教会的改革，教阶制更让他再也不为圣洁问题而担忧了。从此，对权力的欲望与动机便开始支配教廷。不过，这导致的结果是，在英诺森三世还在世的时候，就有虔诚的教徒反对他了。为此，英诺森三世又将教规编入了法典，教廷的权力空前加强了。尽管那时的教廷还能保持胜利和繁荣，但衰败的种子也在此时埋下了。
腓特烈二世曾受过英诺森三世的监护。这位史上最出色的皇帝的爷爷是巴巴罗萨，父亲是亨利六世。他的父亲在世时，征服了西西里的诺曼人，并迎娶了西西里王朝的继承人康斯坦丝，还派遣日耳曼人驻扎在那里。亨利六世死后，康斯坦丝试图借助英诺森三世的力量取得独立。这引起了德意志皇帝奥托四世的愤怒。于是，奥托四世与英诺森三世之间就此发生了争执。1212年，在英诺森三世的支持下，腓特烈二世打败了奥托四世，接替他做了皇帝。
教皇英诺森三世批准方济各会设立并祝福其创建者圣弗朗西斯及其追随者。英诺森三世（1160—1216年）担任罗马教皇期间，大力拓展罗马教廷的权力，使教廷的权势达到顶峰，并积极参与欧洲各国的政治斗争，曾迫使迫使英国、丹麦、葡萄牙、瑞士等国称臣
腓特烈二世出生于霍恩斯陶芬家族，算是日耳曼人，但从文化和情感上看，他带有阿拉伯和拜占庭的色彩，更像意大利人。他博学多才，精通六种语言，还通晓阿拉伯哲学，和伊斯兰教徒关系友好——这使得基督徒异常愤慨。起初，当时的人都惊奇地看着他，后来又恐怖地看着他，因为他们认为他是“奇迹和惊奇的改革家”。他还被当做《三大骗子论》一书的作者，因为教会也把他当做敌人。
1216年，英诺森三世逝世，接替他的教皇是霍诺里乌斯三世。起初，霍诺里乌斯三世与腓特烈二世很要好，但很快两人就在多个方面产生了矛盾，因为腓特烈二世拒绝随十字军东征，而且还与亲教皇的伦巴底联盟闹不合。腓特烈二世本打算伺机攻打这些城市，但一些变故改变了他的计划。1227年，霍诺里乌斯三世逝世，格里高利九世继任为教皇。格里高利九世认为，十字军东征是最重要的事，任何不参加十字军东征的人都要受到惩罚，于是，腓特烈二世也受到了开除教籍的处分。可是，当他被开除教籍以后，他却欣然参加了十字军的东征。这使得格里高利九世更加愤怒，因为这样一来，十字军队伍将由腓特烈二世这个被开除了教籍的人领导。不管怎样，腓特烈二世还是带领着十字军到了巴勒斯坦。到了巴勒斯坦以后，一向和伊斯兰教徒关系友好的腓特烈二世和敌人讲和了，不仅以和平的方式占领了耶路撒冷，还举行了加冕仪式。
1237年，腓特烈二世和伦巴底联盟的战事正式开始。为此，格里高利九世再次开除了腓特烈二世的教籍。不过，战争的胜负却并不是如此明显，在此后的13年里，尽管战事不断，但谁也没有取得决定性的胜利。腓特烈二世死后，他的继任者懦弱无能，不仅吃了败仗，而且还把好好的意大利弄得四分五裂。
腓特烈二世会见埃及苏丹。神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世的幼年时代是在教皇英诺森三世的庇护下长大的，并在其帮助下登上了帝位。而腓特烈二世也组织了第四次十字军东征作为回报，在这次东征中他避免任何战场上的交锋，通过谈判收复了耶路撒冷，并重建了耶路撒冷王国，自任国王。教皇英诺森三世死后，腓特烈二世与继任教皇的关系迅速僵化，屡次发生冲突
当时的几乎所有异端不是遭到了英诺森三世的十字军的讨伐，就是遭到了包括腓特烈二世在内的皇帝们的迫害。然而，对我们而言，这些异端都是值得研究的，无论他们本身，还是他们所反映的当代大众感情，都很有价值。异端广泛传播的原因，一方面是由于十字军的战败产生了沮丧情绪；另一方面是因为人们在道德上憎恨僧侣的富有和恶行。当时的状况是，教会以宗教为理由加强教权，而人们却因教会言行不符而愤怒。
最为庞大的喀萨利派是这其中最吸引人的。这一派的教义是从亚洲传来的，主要流传在意大利北部，就连包括贵族在内的法兰西南部人群也都信仰它——对于那些贵族而言，他们的教义是没收教会地产的绝妙借口。
由于我们依据的只有喀萨利派的对手的言论，因此我们不能清楚知道他们的教义。和诺斯替派一样，喀萨利派好像是二元论者，认为《旧约》中的造物主耶和华是邪恶的，上帝真正的启示在《新约》里。他们认为，从本质上看，物质是邪恶的，恶人死后要受投生为动物的轮回之苦，因此，他们是只吃鱼的素食主义者。他们认为，婚姻是持续的自我满足，因为他们憎恨一切性行为。还有，如果有人打他们的左脸，他们也会让对方再打一次右脸。尽管喀萨利派教规严格，但他们也只有特别圣洁的“完人”才能完全遵守，其他人倒比较宽松。
里昂人彼得·瓦勒度的信徒组建的瓦勒度派是另一个流行很广的异端。狂信者彼得·瓦勒度将所有的财产都送给了穷人，为了厉行安贫乐道的生活，他还创立了一个名为“里昂穷人”的社团。受到教皇赞许的瓦勒度后来由于过分斥责道德败坏的僧侣而遭到维罗纳宗教会议的谴责。从此，瓦勒度走向了真正的异端之路，他们不仅允许所有善良的人讲经传道，而且还自行委派传教士、废除天主教祭祀的仪式。后来，他们受到阿尔比派的连累，被迫逃往丕德蒙特，在密尔顿时代又在那里受到迫害。时至今日，在阿尔卑斯山谷和美国还有他们的信徒。
异端的出现使教会很惶恐，只得动用蛮横的手段予以镇压。英诺森三世认为，异端教徒背叛了基督，应该处以极刑。1209年，他召集法兰西国王发起了对阿尔比派的讨伐战争，大肆屠杀阿尔比派教徒。1233年，格里高利九世设立了宗教裁判所，职责是查找和审判异端。除了处理一般的异端案件，宗教裁判所还审问妖术和魔法，而西班牙的宗教裁判所还承担对付犹太教徒的职责。宗教裁判所还是成功的，至少在成立之初就彻底肃清了阿尔比派。
基督教方济各会创始人圣弗朗西斯（1182—1226年）。公元1223年，教皇英诺森三世批准了方济各会的会规，方济各会正式成立。因其会士着灰色会服，故又称为灰衣修士。在开创初期，该会效忠教皇，提倡过清贫的生活，会士之间互称为“小兄弟”。该会还极其重视学术研究和文化教育事业
在维护正统教义方面的贡献比教皇还多的弗朗西斯（1182—1226年）是历史上最可爱的人物之一，他建立了著名的天主教托钵修会“方济各会”。他出生在一个富裕家庭，成年后放弃了俗世的所有财产，投入到了传道和慈善事业，他还和追随者们立誓永远过清贫的生活。弗朗西斯希望尽可能地用最严格的方式解释清贫誓约，因此，他要求信徒以行乞为生，除了受人款待之外，不许占有房产。1219年，弗朗西斯游历东方，当他回来时，他发现信徒们为自己盖了一间房子。他为此感到痛苦，但由于教皇的干涉，他作出了让步。这是后话了——英诺森三世认为，把弗朗西斯发起的这个运动维持在正统教义的层面会很有价值。于是，他认可了弗朗西斯的行为。格里高利九世更是如此，作为弗朗西斯的私人朋友，他虽然始终赞助着弗朗西斯，但也强加给了后者一些与内心冲动有抵触的戒律。弗朗西斯死后被追谥为圣者，但他制定的清贫戒律却被放松了。
弗朗西斯之后，穷奢极欲的以利亚兄弟做了教团首领，他不仅容许信徒们完全放弃清贫的生活，而且还在归尔甫派与基伯林派的战争中扮演募兵官的角色。宗教裁判所成立后，方济各会又充当了部分国家宗教裁判所的领导，但是，令人遗憾的是，一些依旧忠实于弗朗西斯遗训的信徒也被宗教裁判所以异端的罪名烧死了。这样看来，为宗教事业奋斗了一生的弗朗西斯，只是开创了一个迫害道德忠信和思想自由的优秀人物的教团。这个结果真是令人啼笑皆非。
对正统教义有着狂热信仰的多明我（1170—1221年）是西班牙加斯蒂人。对他而言，以贫穷为手段攻击异端就是他的主要宗旨。也许是由于多明我及其追随者全程参与了英诺森三世阿尔比派的讨伐战争，于是，在1215年时英诺森三世亲自建立了多明我教团。相比于弗朗西斯教团，虽然多明我教团对宗教裁判所的工作更加上心，但他们的名声要比弗朗西斯教团更好一些，因为他们致力于学术，作出过一些有价值的贡献——不过这并非多明我的本意。为了有更多的时间进行学术研究，多明我教团不仅缩短了虔修功课的时间，而且规定不用必须参与体力劳动。在哲学上，他们致力于调和亚里士多德和基督的关系，其中成就最突出的是托马斯·阿奎那，以后的整个多明我教团都没有人能超越他。
比起多明我教团来，弗朗西斯教团似乎更厌恶学术，不过在即将到来的那个时期，弗朗西斯教团也出了如罗吉尔·培根、邓斯·司各特这样的哲学伟人。