从2001年到2003年，腾讯的规模和利润都呈现几何级的增长。2003年8月，腾讯创业团队将IDG所持剩余股权悉数购回，并从MIH手中回购少量股权，经过股权结构的重新调整，最终形成了上市前MIH与创业团队分别持股50%的股权结构。
认真看一下腾讯2003年的财务报表，大家就会知道，腾讯那时候已经不缺钱了。腾讯的公开资料显示，它在2004年第一季赢利亿元，比2003年同期增长87%。不过，马化腾不想让自己的资金来源被风险投资所限制，为了形成多元化的融资渠道，稳定企业的正常运行，马化腾开始筹谋着如何融资上市的问题。
这时候，融资对腾讯来说，已经算不上什么难事了，无论是在国内还是在国外，腾讯的大名几乎响遍了整个互联网，也让马化腾的上市工作变得很容易开展。
关于在哪里上市的问题，马化腾说：“承销顾问里，六家建议在香港，四家建议在纳斯达克，三家建议两边同时上，搞得我头都大了。香港上市公司的平均市盈率比美国低，但如果我是香港的龙头股呢？”
最终，马化腾选择了与深圳相隔一河的香港。要知道，2000年的时候，新浪、搜狐、网易都是在纳斯达克上市的，马化腾却没有跟着这些互联网大佬们“凑热闹”。对此，他的解释是，香港股市的要求要比纳斯达克严格，只有腾讯上市时连续3年实现赢利，才具备在香港上市的资格，相比其他中国互联网公司，只有腾讯一家做到了。
经过一番积极筹备，2004年6月7日，腾讯控股有限公司以中国内地最大的即时通讯产品QQ服务供应商的身份在中国香港创业板公开招股，正式向海外投资者发售股票。这个消息对外公布之后，立即在中国互联网界引起了轩然大波，因为在此之前，几乎没有人听到腾讯准备上市的消息，所以马化腾的保密工作实在是做得好，这让那些天天为头条新闻犯愁的媒体惊慌失措。
2004年6月16日，腾讯控股在香港联交所正式挂牌交易。根据当时每股3.70美元的发行价来计算，腾讯一下子就拥有了62.2亿港元的市值。而经过这次上市，马化腾身边(包括他自己在内)一下冒出了5个亿万富翁和7个千万富翁。
根据持股比例计算，马化腾持有腾讯14.43%的股权，账面财富是8.98亿港元；张志东拥有6.43%的股权，账面财富为4亿港元；而其他三位高层曾李青、许晨晔、陈一丹共持有9.87%的股权，合计约为6.14亿港元。除此之外，腾讯其他7位高层拥有另外的6.77%股权，这7个人的共同财富为4.22亿港元。
上市这条路让企鹅的魅力再一次显现出来。由于腾讯此时此刻已经是深得人心，所以在上市之后很快得到了股民们的全力追捧。尽管大多数投资者都保持着比较理性的心态，不会轻易对某个股票跟进，但腾讯的股票出马不久，超额认购还是达到了146倍。
南非最大的付费电视运营商MIH集团在几年间仅仅花费了4000万美元，就获得了腾讯公司一半的股权。而现在，MIH集团将享受由腾讯带给它的市值超过20亿港元的巨额回报。
那么，腾讯上市之后，马化腾准备将这些募集来的资金用到什么地方去呢？由腾讯的招股文件可以得知，马化腾计划将8.18亿元港币注入到腾讯的新战略方向——即时通信、娱乐和互联网新业务，收购对象可能包括电子商务或音乐领域的增值服务，同时也不排除在未来收购第三方技术开发商和服务提供商的可能。至于剩下的2.5亿元港币，则用来对公司现有的业务进行拓展。
有分析人士指出，从2003年的腾讯盈利情况来看，马化腾即使不进行招股募资，他们也具备了强大的现金流，足够有能力收购国内一些从事即时通信和娱乐新业务的中小型公司。而从2004年第一季度腾讯的收入和盈利情况分析，它同样处于持续盈利的状态。因此，如果单从融资的角度来看，上市并非完全为了钱。
也有一些投资银行认为，是大股东出于套现的目的才促成了腾讯的这次上市。可仔细观察一下腾讯当时的股东组成结构和经营状况，MIH应该已经收回了投资。那么，马化腾为什么要将如此大的一块肥肉送给香港的公众股东呢？
这个答案或许在今天也并不明朗，不过从中我们可以发现，马化腾在香港上市预示着腾讯要坚持本土发展的策略。另外，马化腾在对比腾讯上市前后时也认为，虽然上市后腾讯还面临着一些管理和架构协调的问题，不过公司基本的运作模式已经趋于正规化和稳定化，另外马化腾对企业的规模化和业务发展也有了更完善、更科学的管制机制。如果腾讯不走上市这条路，它日后面临的问题将是后劲不足，缺乏动力。
随着腾讯的上市，腾讯迎来了员工的激励问题。2008年，马化腾在接受《北京青年周刊》采访时说，对全体腾讯员工而言，腾讯的创始人和股东都非常重要，第一是融资，第二是提高形象，第三是股份流通和期权，而对吸引人才特别是高端人才来说更是重要。
虽然上市有钱花了，但是由此带来的隐患也不容小觑，回顾中国的一些互联网公司，因为早早走了上市这条路，很快就由草根变成了土豪，结果都不可避免地遇到了类似的问题：最早的一批员工因股票而腰缠万贯，导致他们后来的工作动力不足，而那些新来的员工即使努力工作，在收入上也无法跟持有股权的员工相比，就会丧失工作的积极性。
2009年6月，马化腾在接受《21世纪经济报道》采访时说，他们的老员工目前主要分为两类：一类是确实没有工作动力了，因为一般的激励已经对他们毫无作用了，他们脑子里想的都是自己出去创业；还有一类依然能保持很强的动力，也可以继续成长，即便你没有激励他。马化腾的意思很简单，对于第一种员工，他无能为力。
虽然存在着先来后到的问题，但这个世界很多时候也是公平的，如果一个员工在这个公司待得时间越长，激励每年也会跟着上涨。
马化腾在腾讯上市之后的几年内，一直奉行着股权激励。2007年12月，腾讯发布了股权激励计划，内容是股份将由独立受托人购入，成本由腾讯支付，计划由采纳日期2007年12月13日起生效，有效期为十年。这个计划规定，董事会授出的股份总数将限制在已经发行的股本的2%，而向奖励个人授出的股份最高不会超过该发行股本的1%。
2008年8月29日，腾讯董事会研究决定，他们向公司184位员工授出万股新股作为奖励股份，这个举措的目的是充分利用腾讯的现有资源来吸引和挽留他们需要的人才。2009年7月10日，腾讯董事会又开展了一项大规模的股权奖励计划，授出万股股份奖励共计1250名员工。可以说，这一次的股权激励动作不小，让人叹为观止。
从股权激励计划可以看出，当马化腾带着他的小企鹅团队走向了新的发展阶段之后，新问题也接踵而来，他只有推出新政策去解决这些摆在面前的障碍性因素，才能驾驭着这艘在互联网大海中疾行的巨舰行走得更远。