常言道：树大招风。当马化腾将腾讯这个小企鹅变成了一只硕大无朋的“帝企鹅”之后，“风”也就来了。
随着QQ用户的不断增多，腾讯渐渐被一些活跃在网络上的犯罪分子盯上了，结果小企鹅成为了网络犯罪的最大受害者之一。马化腾表示，他最担心的就是安全问题。在腾讯2006年的年报中，提升用户安全被列为最优先处理的项目。
根据对2007年各类网络诈骗案件的情况分析，案值少的是百余元，多的达到了几千元。受骗者一半以上是20岁到30岁的年轻人，其中以公司职员和学生居多。通常，这些诈骗分子是通过QQ等即时聊天工具，以一些知名公司或网站的名义发布虚假中奖信息，然后利用一些人贪小便宜的心理，以高额奖金和笔记本电脑或其他数码奖品为诱饵，打着“公证费”“手续费”“保险费”等名目骗取网民的钱财。
曾经有用户在上网时，看到自己的QQ弹出一条“腾讯QQ系统中奖信息”，说他中了几万元奖金和一台笔记本电脑，随后这位用户拨打了网页上留下的客服电话，过了两个小时，他苦苦攒下的6000多块钱就汇入了骗子的腰包。而在2008年汶川地震之后，甚至还有假冒腾讯网慈善频道的网站，打着“公益”的幌子进行诈骗。
2005年12月，马化腾在接受《中国新闻周刊》的采访时说：“我觉得，从互联网整个的环境来看，整个社区肯定有好有坏。我们做了大量努力，但是像现实社会一样，还是会发生很多利用人性的弱点的案例，比如获得信任之后去行骗。这不是技术的问题，而是人与人之间沟通的问题，反映了一个真实社会所会有的情况。”
事实正是如此，即时通讯只不过是一个通讯平台。这就像可能有犯罪分子利用电话来犯罪，但这不是电话运营商能完全负担责任的。马化腾只是为广大网民们提供了一个工具和平台而已，好比那些提供邮件服务的运营商，邮件的内容是无法直接进行监管的，只能用采取某些技术手段，对群发的邮件、垃圾邮件进行适当的限制。
尽管马化腾难以对所有内容进行监控，但腾讯还是不遗余力地对网民进行防骗的教育工作。在QQ的界面和对话框的显著位置，经常会有提醒网民谨防上当的警示语。此外，马化腾还通过一系列的技术升级与服务优化，进一步增强了QQ的安全性。
2007年3月，马化腾在“网络与知识产权刑法保护”研讨会上说：“计算机及网络领域的新型犯罪也接踵而来。现在我们所接触到的一些网络犯罪行为，多以窃取用户‘互联网服务使用账号’等手段来达到侵权目的，这些行为扰乱正常的网络秩序，给广大人民群众的现实生活带来诸多负面影响。然而，我们能明显地感受到这类违法犯罪事件频繁发生却难以控制，除了该类行为具有隐蔽性强等特征之外，还有社会环境、法律体系、技术、管理、教育等多方面的原因。例如，当前的法律对许多网络不法行为还难以定罪或者量刑过轻，起不到应有的惩戒与震慑作用。同时，网络道德标准没有确立，缺乏正确的教育引导，一些实施网络侵权行为的不法分子，如黑客、病毒制作者等反而被当成‘技术天才’，使我们的社会评价体系发生了不应有的倾斜。”
事实上，网络违法犯罪行为给现实社会的稳定带来了极大的破坏力，也给互联网世界的健康发展带来了严峻的挑战。所以对很多互联网企业而言，充分运用法律手段，加强网络管理，有效维护网络秩序是必然选择。
2007年1月8日，为遏制网络盗窃行为，马化腾联合网易、金山、盛大、九城等4家知名网络服务商，共同发表成立“反网络盗窃联盟”的声明，希望对网络盗窃予以严厉的惩罚和打击，帮助用户维护其网络财产的安全。马化腾也表示，希望和其他同行一起以积极的态度和创新的精神，同这种龌龊的盗窃行为坚决斗争，将互联网建设好、利用好并管理好。
目前，腾讯在公司的运营方面已经将重点放在了关注安全、稳定和网络质量三个方面，其中重中之重就是安全问题。为此，马化腾一直和金山等国内一流的防病毒厂商开展深度合作，共建QQ的安全中心，此外还不忘和国家有关部门联合起来，共同打击对用户利益侵害严重的非法挂机网站以及一些恶意广告网站。在稳定性维护方面，马化腾还将计划对后台系统进行软硬件方面的优化，从而保证服务质量的可靠性，此外还建立了24小时值班中心，一旦发现异常现象马上做出反应。
为了满足用户使用QQ时的安全需求，帮助指导用户更专业地使用QQ安全防护措施，马化腾还十分具有开创性地设置了“QQ安全自习课”。所谓的“QQ安全自习课”其实是一个在线学习课程的虚拟课堂，它将网络上比较典型的案例拿出来，结合多种安全领域提供个性化在线学习课程，还加入了幽默直白的漫画讲述了与QQ有关的各安全领域的问题及处理方法。
在用户看来，上一堂QQ安全自习课，不仅能学会如何防止被骗和防止病毒，还能从中了解到腾讯在保护QQ安全方面采取了什么样的措施，非常值得一看。特别是对那些初学上网的人，通过视频能够学到相关的网络知识来保护自己，大有裨益。