嘉靖四十五年十二月庚子，世宗崩。壬子，二十六日。穆宗即位，改明年为隆庆元年。徐阶时为首辅，于即位诏，免明年天下田赋之半，及嘉靖四十三年以前逋赋。所草世宗遗诏，则召用建言得罪诸臣，死者恤录，方士付法司论罪，一切斋醮工作及政令不便者悉罢之。诏下，朝野号恸感激。时高拱、郭朴以阶不与共谋，不乐，朴曰：“徐公谤先帝。”两人遂与阶有隙。
穆宗承世宗之后，享国亦仅六年，其政事倚成于内阁。阁臣用事者，亦不得谓无才，然多挟意见，无和衷之美，所形成一朝之政治，即诸阁臣意见之用事。当即位初，世宗遗诏，已因忌徐阶而沮先朝悔过之美。其后阁臣进退，由恩怨之推排，为政令之反复。《明史》徐阶、高拱、张居正类为一传，颇足为朝局枢纽。《明史稿》徐阶与杨廷和、杨一清为一传，意不同。阶在世宗朝，以严嵩能逆探帝指而肆其恶，即用其术以移帝意，拔大憝而去之，世服其智而不病其谲，阶固拔除乱贼而引君当道也。迨草遗诏，夜召门人学士张居正与谋，质明，裕王人临世宗不立太子，但先遣景王就国，以示裕王之留，即为储贰。景王又前卒，裕王自即太子。毕，以诏草上，令旨报可。朝野比之杨廷和所拟登极诏书，为世宗始终盛事。高拱、郭朴以阶引门生谋，而同列反不与，遂忌嫉腾谤言。拱初侍穆宗裕邸，阶引之辅政，然阶独柄国，拱心不平。世宗不豫时，给事中胡应嘉尝劾拱，拱疑阶嗾之。隆庆初救考察被黜者，朴言：“上甫即位，而应嘉敢越法无人臣礼，宜削籍。”阶睨拱方怒，不得已从之。言者谓拱修旧郑，胁阶斥应嘉。阶又请薄应嘉罚，言者又相继劾拱。拱欲阶拟杖，阶从容譬解，拱益不悦，令御史齐康劾阶，言其二子多干请，及家人横里中状。阶疏辨乞休，九卿以下交章劾拱誉阶，拱遂引疾归，康竟斥，朴亦以言者攻之，乞身去。给事御史多起废籍，恃阶而强，言辄过激，帝不能堪，谕阶等处之。同列欲拟谴，阶曰：“上欲谴，我曹当力争，乃可导之谴乎？”请传谕令省改，帝亦勿之罪。是年，诏翰林撰中秋宴致语，阶言先帝未撤几筵，不可宴乐。帝为罢宴。帝命中官分督团营，阶力陈不可而止。南京振武营兵屡哗，阶欲汰之，虑其据孝陵，不可攻也，先令操江都御史唐继禄督江防兵驻陵傍，而徐下兵部分散，事遂定。群小铛殴御史于午门，都御史王廷将纠之，阶曰：“不得主名，劾何益？且虑彼先诬我。”乃使人以好语诱大铛，先录其主名，廷疏上，乃分别逮治有差。阶之持正应变多此类。然阶所持诤多宫禁事，伸者十八九，中官多侧目。会帝幸南海子，阶谏不从，方乞休，而给事中张齐以私怨劾阶，阶因请归，帝意亦渐移，许之。举朝疏留，报闻而已。王廷复刺得张齐纳贿事，劾戍之边。阶既行，李春芳为首辅，未几而拱出。
拱与郭朴皆阶所荐人阁。拱骤贵负气，颇忤阶。穆宗即位，进少保兼太子少保。阶虽为首辅，而拱自以帝旧臣，数与之抗，朴复助之，阶渐不能堪。而是时陈以勤、张居正皆人阁，居正亦侍裕邸讲。阶草遗诏，独与居正计，拱心弥不平。会议登极赏军，及请上裁去留大臣事，阶悉不从拱议，嫌益深。拱欲逐胡应嘉，给事中欧阳一敬劾拱尤力，阶于拱辨疏，拟旨慰留，而不甚谴言者。拱益怒，相与忿诋阁中。御史齐康为拱劾阶，康坐黜，于是言路论拱者无虚日，南京科道至拾遗及之，拱不自安，乞归，隆庆元年五月也。拱以旧学蒙眷注，性强直自遂，颇快恩怨，卒不安其位去。既而阶亦乞归，则在二年七月。三年冬，帝召拱，以大学士兼掌吏部事。拱乃尽反阶所为，凡先朝得罪诸臣，以遗诏录用赠恤者，一切报罢，且上疏极论之曰：“《明伦大典》颁示已久，今议事之臣假托诏旨，凡议礼得罪者，悉从褒显，将使献皇在庙之灵何以为享？先帝在天之灵何所为心？而陛下岁时人庙亦何以对越二圣？”帝深然之。法司坐王金等子弑父律，拱复上疏曰：“人君陨于非命，不得正终，其名至不美。先帝临御四十五载，得岁六十有余，末年抱病，经岁上宾，寿考令终，曾无暴遽。今谓先帝为王金所害，诬以不得正终，天下后世，视先帝为何如主？乞下法司改议。”帝复然拱言，命减戍。拱之再出，专与阶修郑，所论皆欲以中阶重其罪，赖帝仁柔，弗之竟也。阶子弟颇横乡里，拱以前知府蔡国熙为监司，簿录其诸子，皆编戍，所以扼阶者无不至；逮拱去位乃得解。拱练习政体，负经济才，所建白皆可行。其在吏部，欲遍识人才，授诸司以籍，使署贤否，志爵里姓氏，月要而岁会之，仓卒举用，皆得其人。又以时方忧边事，请增置兵部侍郎，以储总督之选，由侍郎而总督，由总督而本兵，中外更番，边材自裕。又以兵者专门之学，非素习不可应卒，储养本兵，当自兵部司属始，宜慎选司属，多得智谋才力晓畅军旅者，久而任之，勿迁他曹，他日边方兵备督抚之选皆于是取之。更各取边地之人，以备司属，如铨曹分省故事，则题覆情形可无扞格。并重其赏罚以鼓励之。凡边地有司，其责颇重，不宜付杂流及迁谪者。皆报可，著为令。拱又奏请：“科贡与进士并用，勿循资格。其在部考察，多所参伍，不尽凭文书为黜陟，亦不拘人数多寡，黜者必告以故，使众咸服。”吉田瑶乱，用殷正茂总督两广，曰：“是虽贪，可以集事。”贵州抚臣奏土司安国亨将叛，命阮文中代为巡抚，临行语之曰：“国亨必不叛，若往，无激变也。”既而如其言。以广东有司多贪黩，特请旌廉能知府侯必登，以厉其余。又言：“马政盐政之官，名为卿为使，而实以闲局视之，失人废事，渐不可训。惟教官驿递诸司，职卑禄薄，远道为难，宜铨注近地，以恤其私。”诏皆从之。拱所经画，皆此类也。俺答孙把汉那吉来降，总督王崇古受之，请于朝，乞授以官。朝议多以为不可，拱与居正力主之，遂排众议请于上，而封贡以成。由是西塞诸部岁来贡市，自宣大至甘肃，边陲晏然，不用兵革者二十余载。拱以边境稍宁，恐将士惰玩，复请敕边臣，及时闲暇，严为整顿，仍时遣大臣，帝皆从之。辽东奏捷，进柱国、中极殿大学士。此属御建州女直事，故《明史》含糊其词。盖拱于隆庆五年，特拔副使张学颜为辽东巡抚，学颜与大将李成梁讨敌有功，故云辽东奏捷也。事略具《张学颜传》。寻考察科道，拱请与都察院同事，时大学士赵贞吉掌都察院，持议稍同异。给事中韩楫劾贞吉有所私庇，贞吉疑拱嗾之，遂抗章劾拱，拱亦疏辨，帝令贞吉致仕去。拱嗣是专横益著，言者皆谪外。拱初持清操，后其门生亲串颇以贿闻致物议，帝终眷拱不衰。始拱为祭酒，居正为司业，相友善，拱亟称居正才。及是李春芳、陈以勤皆去，拱得首辅，居正肩随之。拱性直而傲，同官殷士儋辈不能堪，居正独退然下之，拱不之察也。六年春，帝崩，拱卒为居正所倾，别详万历初政局。
高拱亦政事才，不失为救时良相，惟以恩怨快意，至不惜屈抑忠正，宽庇佞邪，以修怨于故辅，并以先朝之过举，劫持嗣君，以中伤元老。拱之才与居正相类，而气质之偏各不同，亦各有大过当之处。隆庆朝之得失，即当时相业之优劣也。
穆宗中材之主，《史》称“在位六载，端拱寡营，躬行俭约，尚食岁省巨万。许俺答封贡，减赋息民，边陲宁谧。继体守文，可谓令主。第柄臣相轧，门户渐开，未能振肃干纲，矫除积习，宽恕有余，刚明不足”。以此论隆庆一朝，大略固如是。然谓柄臣相轧，议帝未肃乾纲，则其得失亦参半。俺答封贡，减赋息民，即柄臣用事之效。至躬行节俭，仅举尚食岁省而言，则纯为当时颂圣门面语，参考事实，当分别观之。
《宦官传》：“李芳，穆宗朝内官监太监也。帝初立，芳以能持正见信任。《明通鉴》：“芳侍上于藩邸，即位信任之。”是信任由于旧侍，非以其持正也，其后获谴，乃正以其持正耳。初世宗时，匠役徐杲以营造躐官工部尚书，修卢沟桥，所盗万计，其属冒太仆、少卿、苑马卿以下职衔者以百数。隆庆元年二月，芳劾之，时杲已削官，乃下狱遣戍，尽汰其所冒冗员。又奏革上林苑监增设皂隶，减光禄岁增米盐及工部物料，以是大为同类所嫉。而是时司礼诸阉滕祥、孟冲、陈洪方有宠，争饰奇技淫巧以悦帝意，作鳌山灯，导帝为长夜饮。芳切谏，帝不悦，祥等复媒蘖之，帝遂怒，勒芳闲住。二年十一月，复杖芳八十，下刑部监禁待决。尚书毛恺等言：‘芳罪状未明，臣等莫知所坐。’帝曰：‘芳事朕无礼，其锢之。’芳锢，祥等益横。前司礼太监黄锦已革荫，祥辄复予之。工部尚书雷礼劾祥：‘传造采办器物，及修补坛庙乐器，多自加征，糜费巨万；工厂存留大木，斩截任意。臣礼力不能争，乞早赐罢。’帝不罪祥，而令礼致仕。礼于《史》无传，事迹仅见此，今但存其著述甚多耳。冲传旨下海户王印于镇抚司，论戍，法司不预闻；纳肃藩辅国将军缙贿，越制得嗣封肃王。洪尤贪肆，内阁大臣亦有因之以进者。三人所糜国努无算。帝享太庙，三人皆冠进贤冠，服祭服以从，爵赏辞谢，与六卿埒。廷臣论劾者，太常少卿周怡以外补去，给事中石星、李已、陈吾德，御史詹仰庇、尚宝丞郑履淳，皆廷杖削籍。三人各荫锦衣官至二十人。而芳独久系狱。四年四月，刑科都给事中舒化以热审届期请宥芳，乃得释充南京净军。”据此则穆宗之嗜好及惑溺已可概见，惟历年少，亦举动不烈，不大震惊耳目而已。
《食货志·上供采造门》：“穆宗朝，光禄少卿李健奏十事，帝皆可之，颇有所减省，停止承天香米，外域珍禽奇兽，罢宝坻鱼鲜，凡荐新之物，领于光禄寺，勿遣中官，著为令。又从太监李芳请，停征加增细粳米，白青盐，命一依成、弘间例。御史王宗载请停免加派，部议悉准原额，果品百七万八千余斤，牲口银五万六千余两，免加派银二万余。未行而神宗立，诏免之。世宗末年岁用止十七万两，穆宗裁原额二万，止十五万余，盖愈省约矣。”万历初，张居正为政，光禄寺经费益减至十三四万，中年渐增，几三十万。此为躬行节俭事实之可征者。
又《仓库门》：“隆庆中，数取太仓银人内库，内承运库中官至以空札下户部取之，廷臣疏谏皆不听。又数取光禄太仆银，工部尚书朱衡言：‘每年矿金税金皆收内库，而其它羡余、干折、抄没、孝顺之属，其名甚众，无不人内库者。金花岁百万，计三十年，当数千万，况天产地生，汇而郁于其中，内库充初若是，尚言不足耶？’帝不听。”然则帝以内库与国库争，并无损上益下之意，所省光禄寺微末之数，其意何为，殆亦为内库增聚敛邪？即于民间有所轻减，直以毫末之惠，市史册之名耳。人主节俭，若视为美名，即不可恃。俭在寡欲，有寡欲之质，不期俭而自俭，若太祖以来是也。穆宗史以节俭称，今再征之史实。
《王治传》：隆庆元年，上疏陈四事，其二为：“谨燕居之礼，以澄化源。人主深居禁掖，左右便佞，窥伺百出，或以燕饮声乐，或以游戏骑射，近则损敝精神，疾病所由生；久则妨累政事，危乱所由起。比者人言籍籍，谓陛下燕间举动，有非谅暗所宜者。臣窃为陛下忧之。”此知穆宗非厚重守礼之君，宜有务求玩好之事。
《纲目三编》：“二年正月，吏科给事中石星言：‘天下之治，不日进则日退；人君之心，不日强则日偷。臣窃见陛下人春以来，为鳌山之乐，纵长夜之饮，极声色之娱，朝讲久废，章奏遏抑，一二内臣，威福自恣，肆无忌惮，天下将不可救。用是条上六事：一曰养圣躬，二曰讲圣学，三曰勤视朝，四曰速俞允，五曰广听纳，六曰察谗谄。’疏人，上怒，以为恶言讪上，命廷杖六十，黜为民。时中官滕祥以造作奇巧得幸，会监杖，星大诟之，祥怒，予重杖，星绝而复苏，其妻郑，误闻星已死，遽触柱死。闻者哀之。”史无《石星传》，惟《本纪》：“隆庆二年正月己卯，给事中石星疏陈六事，杖阙下，斥为民。”《史稿》有传，载此文略同。
《周弘祖传》：“二年春，言：‘近四方地震，土裂成渠，旗竿数火，天鼓再鸣，陨星旋风，天雨黑豆，此皆阴盛之征也。陛下嗣位二年，未尝接见大臣，谘访治道。边患孔棘，备御无方。时俺答尚未封贡。事涉内廷，辄见挠沮。如阅马核库，诏出复停。皇庄则亲收子粒，太和则榷取香钱。织造之使累遣，纠劾之疏留中。内臣爵赏谢辞，温旨远出六卿上，尤祖宗朝所无者。’疏人不报。”此可知主道之不隆，修政之无善状，特不似世宗之猛厉耳。
《詹仰庇传》：“隆庆初，穆宗诏户部购宝珠，尚书马森执奏，给事中魏时亮、御史贺一桂等继争，皆不听。仰庇疏言：‘顷言官谏购宝珠，反蒙诘让。昔仲虺戒汤，不迩声色，不殖货利；召公戒武王，玩人丧德，玩物丧志。汤武能受二臣之戒，绝去玩好，故圣德光千载。若侈心一生，不可复遏，恣情纵欲，财耗民穷。陛下玩好之端渐启，弼违之谏恶闻，群小乘隙，百方诱惑，害有不胜言者。况宝石珠玑，多藏中贵家，求之愈急，邀直愈多，奈何以有用财耗之无用之物？今两广需饷，疏请再三，犹靳不予，何轻重倒置乎？’不报。”穆宗一朝，以购珠宝拒谏罪言官者比比矣，其事沿世宗之奉道而来，奉道之用奢侈品，殆亦如佞佛之必资布施庄严乎？夫以布施庄严，破愚民之悭吝，未尝非均贫富之一助；若有权力可剥夺于民者信之，此即历史中信佛信道之君，皆所以促败亡者也。顾世宗以奉道需珠宝，其惑溺之根犹有所为，欲祛其惑，当移其求长生之妄念而后可；穆宗则直以童心未化，为左右近习所玩弄而已，美之曰恭俭，岂有当哉？
仰庇后又以帝耽声色，陈皇后微谏，怒出之别宫，后寝疾危笃，上疏言之，帝批答但云：“尔何知内庭事？顾妄言！”未予谴谪。感奋益思尽言，复以巡视十库上疏言：“内官监岁人租税甚多，而岁出不置籍。按京城内外园廛场地，隶本监者数十计，岁课皆属官钱，而内臣假上供名，恣意渔猎，利填私家，过归朝宁。乞备核宜留宜革并出人多寡数，以杜奸欺。再照人主奢俭，四方系安危。陛下前取户部银，用备缓急，今如本监所称，则尽以创鳌山，修宫苑，制秋千，造龙凤舰，治金柜玉盆。群小因干没，累圣德，亏国计。望陛下深省，有以玩好逢迎者，悉屏出罪之。”宦官益恨。故事：诸司文移往还及牧民官出教，用照字，言官上书无此礼。宦官因指“再照人主”语为大不敬。帝怒，下诏曰：“仰庇小臣，敢照及天子，且狂肆屡不俊。”遂廷杖百除名，并罢科道之巡视库藏者。南京给事中骆问礼、御史余嘉诒等疏救，且言巡视官不当罢。不纳。明代公文用照字较近代为多，其意则犹近代之查字。查本木名，其人公文作察字用亦相沿为之，非字之本义也。至言事疏中应否用照字乃另一事，其言可采与否又是一事，况言及宦官，而由宦官挑剔，坐以大不敬，此即昏庸之证。祖制以科道巡视各署，原以为国家计，防蠹弊之由来。今因此而罢之，不知祖宗立法之意，而为宦官抉纲纪以快其私，上承嘉靖，下启万历，为亡国之酝酿而已。
《刘体乾传》：“马森去，森为户部尚书，三年二月以终养去，亦缘力争珠宝等事不见听之故。召改北部，由南户部尚书改北。诏取太仓银三十万两。体乾言：‘太仓银所存者三百七十万耳，而九边年例二百七十六万有奇，时俺答未封贡，边未解严，但封贡以后，所云减费，亦有名无实。事见《实录》。在京军粮商价百有余万，蓟州、大同诸镇例外奏乞不与焉。若复取以上供，经费安办？’帝不听。体乾复奏：‘今国计绌乏，大小臣工所共知。即存库之数，乃近遣御史所搜括，明岁则无策矣。今尽以供无益费，万一变起仓卒，如国计何？’于是给事中李已、杨一魁、龙光，御史刘思问、苏士润，贺一桂、傅孟春交章乞如体乾言，阁臣李春芳等皆上疏请，乃命止进十万两。又奏：‘太和山香税宜如泰山例，有司董之，毋属内臣。’仵旨，夺俸半年。”又：“逾年，隆庆四年。诏趣进金花银，且购猫睛、祖母绿诸异宝。已上书力谏，体乾请从已言。不纳。内承运库以白札索部努十万。体乾执奏，给事中刘继文亦言白札非体。帝报有旨，竟取之。《马森传》：“帝尝命中官催发户部银六万，市黄金。森持不可。且言：‘故事，御札皆由内阁下，无司礼径传者。’事乃止。”是前年之白札，马森尚以故事争之而止，至是竟以有旨二字拒谏矣。体乾又乞承运库减税额二十万，为中官所格，不得请。是时内供已多，数下部取太仓银，又趣市珍珠黄绿玉诸物。体乾清劲有执，每疏争，积忤帝意，竟夺官。给事中光懋、御史凌管等交章请留。不听。”凡此皆有常识之君不待人言，自不欲以无益之物病国以自病者。穆宗终身溺其中，《史》犹据光禄减费一事称其节俭，可知其不足信矣。
体乾于嘉靖间为给事中，帝以财用绌，诏廷臣集议，多请追宿逋，增赋额。体乾独上奏曰：“苏轼有言：‘丰财之道，惟在去其害财者。’今之害最大者有二：冗吏、冗费是也。历代官制，汉七千五百员，唐万八千员，宋极冗，至三万四千员。本朝自成化五年，武职已逾八万，合文职盖十万余。今边功升授，勋贵传请，曹局添设，大臣恩荫，加以厂、卫、监、局、勇士、匠人之属，岁增月益，不可悉举，多一官则多一官之费。请严敕诸曹，清革冗滥，减俸将不赀。又闻：光禄库金，自嘉靖改元至十五年积至八十万。自二十一年以后，供亿日增，余藏顿尽。进御果蔬，初无定额，止视内监片纸，如数供御，干没狼藉，辄转鬻市人，其它诸曹，侵盗尤多。宜著为令典，岁终令科道臣会计之，以清冗费。二冗既革，国计自裕。舍是而督逋增赋，是扬汤止沸也。”于是部议请汰各监局人匠。从之。此等奏议，皆不可改移之论。国之强，政之理，财之裕，皆始于官之不冗。国家至以官职为安插不事事之人之用，则能事事者亦相率而怠废，官愈多，事愈废，俸愈无限制，岂徙财力有所不给，乃至无复政事可言，此治乱之龟鉴也。
《陈吾德传》：“帝从中官崔敏言，命市珍宝。户部尚书刘体乾、户科都给事中李已执奏，不从。此即《体乾传》中事。吾德复偕已上疏，此在体乾罢后。曰：‘伏睹登极诏书：“罢采办，蠲加派。”且云：“各监局以缺乏为名，移文苛取，及所司阿附奉行者，言官即时论奏，治以重典。”海内闻之，欢若更生。比者左右近习干请纷纭，买玉市珠，传帖数下，人情惶骇，咸谓：“诏书不信，无所适从。”迩时府库久虚，民生困瘁，司度支者日夕忧危，陛下奈何以玩好故费数十万赀乎？政等献谄营私，罪不可宥，乞亟谴斥，以全诏书大信。’帝震怒，杖已百，锢刑部狱，斥吾德为民。”
《刘奋庸传》：隆庆六年三月，上疏言五事，其三言：“慎俭德。陛下嗣位以来，传旨取银不下数十万，求珍异之宝，作鳌山之灯，服御器用悉镂金雕玉。生财甚难，靡敝无纪。愿察内努之空虚，思小民之艰苦，不作无益，不贵异物，则国用充羡而民乐其生矣。”因帝不久即崩，而所嗜好者不过如此。且一鳌山之灯，历年见之谏疏，可见童心永不能革。疏人，帝但报闻，不怒也。而高拱以为风刺及己，由尚宝卿谪兴国知州。奋庸与拱同为裕邸讲官，拱以旧恩为首辅，奋庸久不调而持正论，遂遭拱忌。
隆庆六年闰二月丁卯，初十日。御皇极殿门，疾作，遽还宫。五月己酉二十五日大渐，召大学士高拱、张居正、高仪受顾命。庚戌，二十六日。崩于乾清宫。穆宗顾命之词，《史》以高拱著有《病榻遗言》一书，自述其身受穆宗殊遇，而遭忌于居正，为所倾。居正之倾拱自实，当叙人万历初朝局。至其述顾命语及其时日，考之皆不甚可信。今《病榻遗言》自有行世之本，《明史稿》颇采之，《明史》即不用其语。